์ ์ฒด ๊ธ + 29

Microaveraging vs. Macroaveraging
2023.11.14
์ด์ง ๋ถ๋ฅ๊ธฐ์ ์ฑ๋ฅ์ ๊ณ์ฐํ ๋ ์ฐ๋ฆฌ๋ confusion matrix (ํผ๋ํ๋ ฌ) ์ ๊ทธ๋ ค True positive, True negative, False positive, False negative๋ฅผ ํ์ธํ๊ณ ์ด๋ฅผ ํตํด precision, recall, accuracy๋ฑ์ ํ์ธํ ์ ์๋ค. ๊ทธ๋ฐ๋ฐ ๋ง์ฝ ๋ถ๋ฅํด์ผ ํ ํด๋์ค๊ฐ 3๊ฐ ์ด์์ด๋ผ๋ฉด ์ด๋ป๊ฒ ํด์ผํ ๊น? ๋ ๊ฐ์ง ๋ฐฉ์์ด ์๋๋ฐ ๋ฐ๋ก Microaveraging ๊ณผ Macroaveraging์ด๋ค. ๋์ ์ฐจ์ด๋ฅผ ํ์ธํด๋ณด์. Macroaveraging ๊ตฌํ๊ณ ์ถ์ ๊ฐ๊ฐ์ ํด๋์ค์ ๋ํด์ ์ฑ๋ฅ์ ๊ณ์ฐํ๋ค. ๊ทธ ์ดํ ๊ฐ ํด๋์ค์ ๋ํ ํ๊ท ๊ฐ์ด ์ต์ข
์ฑ๋ฅ์ด ๋๋ค. ๋ง์ฝ ํด๋์ค๊ฐ 4๊ฐ๋ผ๋ฉด, ์์ confusion matrix 4๊ฐ๋ฅผ ๊ทธ๋ฆฌ๊ณ , ์ด 4๊ฐ์ ๋ํ ํ๊ท ๊ฐ..

Ch01. Speaking Mathematically
2023.09.08
Statement = Proposition : ๋ช
์ - ์ ์: ์ฐธ์ด๋ ๊ฑฐ์ง์ผ๋ก ํ๋จํ ์ ์๋ ๋ฌธ์ฅ - ์ข
๋ฅ 1) Universal Statement: ํ ์งํฉ์ ๋ชจ๋ ์์์ ๋ํด์ ์ฐธ 2) Conditional Statement: ํน์ ์กฐ๊ฑด๋ง ํฌํจ 3) Existential Statement: ์กฐ๊ฑด์ ๋ง์กฑํ๋ ์์๊ฐ 1๊ฐ ์ด์ ์๋ค. 4) Universal Conditional Statement: universal & conditional 5) Universal Existential Statement: ์ฒซ ๋ถ๋ถ์ universal, ๋ ๋ฒ์งธ ๋ถ๋ถ์ existential 6) Existential Universal Statement: ์ฒซ ๋ถ๋ถ์ existential, ๋ ๋ฒ์งธ ๋ถ๋ถ์ universal S..

[DEG ๋ถ์] Volcano Plot, MA Plot
2023.08.10
์ต๊ทผ์ ๋ฐ์ด์ค์ธํฌ ์ชฝ ๋ฉ์์ ํ๋ถ ์ฐ๊ตฌ์์ ํ๊ฒ ๋์๋๋ฐ, ์๊ฐ๋ณด๋ค ํ๊ตญ์ด ์๋ฃ๊ฐ ๋ง์ง ์์์ ๋จ๊ฒจ๋ณด๋ ๊ธฐ๋ก! ํ๋ฆฐ ์ค๋ช
์ด ์์ ์๋ ์์ ์ฃผ์ DEG ๋ถ์์ด๋? DEG๋ Differentially Expressed Gene์ ์ฝ์! ์ ์ ์์ ๋ฐํ๊ฐ์ ์ธก์ ํ๊ณ ํต๊ณ์ ๊ณผ์ ์ ๊ฑฐ์ณ ๋์กฐ๊ตฐ๊ณผ ๋น๊ต๊ตฐ ๊ฐ์ ๋ฐํ์ด ์ ์ํ ์ ์ ์ ํ๋ณด๊ตฐ์ ์ ์ ํ๋ ๋ฐฉ์์ด๋ค. (์ถ์ฒ) DEG ๋ถ์์ ์ํด์๋ RNA-seq ๋ฐ์ดํฐ๊ฐ ํ์ํ๋ค. DEG ๋ถ์์ ์ํ RNA-seq ๋ฐ์ดํฐ๋ฅผ ๋ง๋๋ ๋ฐฉ๋ฒ์ ์ฌ๋ฌ ๊ฐ์ง๊ฐ ์๊ฒ ์ง๋ง ๋ด๊ฐ ์ฌ์ฉํ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋ค์๊ณผ ๊ฐ๋ค. 1) RNA-seq๋ฅผ ํตํด ์ป์ fq ํ์ผ์์ ํ์ ์๋ adapter ๋ฑ์ ์์ด์ ์๋ผ๋. 2) TopHat2๋ฅผ ์ด์ฉํ mapping ์งํ. 3) Cufflinks, Cuffdif..

Categorical Data Encoding: Mean Target Encoding
2023.05.31
์ด๋ฒ ํฌ์คํ
์์๋ ์นดํ
๊ณ ๋ฆฌ (๋ฒ์ฃผํ) ์๋ฃ ์ธ์ฝ๋ฉ ๋ฐฉ๋ฒ ์ค ํ๋์ธ Mean Target Encoding์ ๋ํด ์๊ฐํ๊ณ ์ ํ๋ค. ์ฌ์ค ๋๋ ๋ฒ์ฃผํ ๋ณ์ ์ธ์ฝ๋ฉ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋ผ๋ฒจ์ธ์ฝ๋ฉ๊ณผ ์ ํซ ์ธ์ฝ๋ฉ๋ง ์๋ ์ค ์์๋ค. ๊ทธ๋ฐ๋ฐ ์ด๋ฒ ์ฑ๋ฌด๋ถ์ดํ ๋ฐ์ดํฐ๋ฅผ ๋ถ์ํ ๋ ๋ด๊ฐ ํ๋ ์ ์ฐจ๋ค์ด ์ฌ์ค์ Mean Target Encoding์ด์๋ค๋ ๊ฒ์ ์๊ฒ ๋์ด ๋๋ ์๋ฐ์ ์์๋ค. ์๋ฌดํผ ๋ณธ๋ก ์ผ๋ก ๋ค์ด๊ฐ์. ๋ฒ์ฃผํ ๋ณ์๊ฐ ๋ฌด์์ธ์ง๋, ์ด์ ์ ๋ด๊ฐ ์์ฑํ์๋ ๊ธ์ ์ฐธ๊ณ ํ๋ฉด ์ข์ ๊ฒ ๊ฐ๋ค. https://iamnotwhale.tistory.com/5 [EDA] ๋ฐ์ดํฐ ์ข
๋ฅ๋ณ ์๊ฐํ ๋ฐฉ๋ฒ ๋ฐ์ดํฐ์ ์ข
๋ฅ ๋ฐ์ดํฐ๋ ํฌ๊ฒ ๋ฒ์ฃผํ, ์์นํ ๋ ๊ฐ์ง ๋ถ๋ฅ๋ก ๋๋ ์ ์๋ค. ๋ฒ์ฃผํ ๋ฐ์ดํฐ๋ ๋ฒ์ฃผ/์นดํ
๊ณ ๋ฆฌ๋ฅผ ๊ตฌ๋ถํ๋ ๊ฐ๊ฐ์ ์ด๋ฆ์ ๊ฐ๋ ๋ฐ์ด..
Chapter 3. Informed Search
2023.05.24
Greedy Best-First Search Evaluation Func & Heuristic Func Evaluation func f(n) node n์ estimated cost Heuristic func h(n) node n์์ goal state๋ก ๊ฐ๋ ๊ฐ์ฅ ์ ๋ ดํ ๋น์ฉ์ ์ถ์ ์น root-finding problem์์ ๊ฐ ๋์๋ณ ์ง์ ๊ฑฐ๋ฆฌ ํจ์ Greedy Best-First Search ์ ์: best-first search์ ์ผ์ข
→ h(n) value๊ฐ ๊ฐ์ฅ ์ ์ ๋
ธ๋๋ฅผ ํ์ฅ table์ ์ ์งํ๋ ๊ฒฝ์ฐ ๊ทธ๋ํ (์ค๋ณต์ ๊ณ ๋ ค) ์์ ๋ ๊ฒฝ์ฐ tree search (์ค๋ณต์ ๊ณ ๋ คํ์ง ์์) ์ฑ๋ฅ ํ๊ฐ Completeness → ์ฌ์ดํด ๋ฐ์ Not complete: tree-like search co..